Sous l'autorité du Préfet du département, il est en charge de la conduite des politiques interministérielles, de la gestion des grands dossiers départementaux et de l'impulsion donnée aux actions de l'État dans le département.

Il assure l'intérim du Préfet en cas d'absence ou de vacance.

Il anime le dialogue social avec les agents de la préfecture et gère le budget et le patrimoine de la préfecture.

Le Secrétaire Général est également le Sous-Préfet de l'arrondissement chef-lieu.

Le Secrétariat Général comporte :

La Direction de Réglementation et des Libertés Publiques est chargée de l'application des dispositions législatives et réglementaires en matière de police administrative, de statut des étrangers et d'acquisition de la nationalité française, de l'organisation des élections politiques, sociales et professionnelles, de la délivrance de titre d'identité, de circulation et de voyage.

Elle comprend :

                 * le Bureau de la réglementation et des élections
                 * le Service de l'Immigration qui se compose deux bureaux, à savoir :
                                 le Bureau de l'admission au séjour
                                 le Bureau de l'asile et de l'éloignement
                  * le Bureau des usagers de la route

Les régies de recettes et d'avances de la Préfecture et l'accueil du bâtiment République lui sont rattachés.

La Direction des Collectivités Locales et des Procédures Publiques est chargée du contrôle de légalité des actes des collectivités locales, de leurs groupements et de leurs établissements publics, et de l'intercommunalité.
Elle assure le contrôle budgétaire et le versement des dotations financières de l'Etat en faveur des collectivités locales et de leurs groupements.
Elle gère les procédures d'enquêtes publiques, les procédures liées aux installations classées industrielles et assure le secrétariat du CODERST (conseil départemental de l'environnement, des risques sanitaires et technologiques).

Elle comprend :

                 * le Bureau des relations avec les collectivités locales
                 * le Bureau des finances des collectivités locales
                 * le Bureau des enquêtes publiques et installations classées

La Direction des Actions et des Moyens de l'Etat est chargée de la mise en oeuvre des actions de l'Etat dans le département en matière d'aménagement du territoire et de développement économique. Elle assure, à ce titre, l'instruction financière des demandes de subventions de l'Etat.
Elle assure le pilotage de l'activité des directions départementales interministérielles et des unités territoriales des directions régionales.
Elle est chargée de la gestion administrative et statutaire des personnels, de la gestion des effectifs et de la masse salariale et veille au dialogue social.
Elle assure l'ensemble des fonctions logistiques, les travaux, les marchés publics et les achats ainsi que les actions de mutualisations des moyens.
Elle exécute la Dépense de l'Etat.

Elle comprend :

       le Pôle "Actions de l'Etat" :
                  * Bureau du développement du territoire et des affaires européennes
                  * Bureau de la réforme de l'Etat et de l'organisation administrative

       le Pôle "Moyens de l'Etat - CHORUS" :
                   * Bureau des ressources humaines
                   * Services techniques et moyens mutualisés
                   * Bureau du pilotage du budget et des finances
                   * Plate-forme CHORUS

Sont également rattachés au Secrétariat Général :

le Service départemental des systèmes d'information et de communication
le Chargé de mission contrôle de gestion, contrôle interne comptable, pôle immobilier et démarches qualité
le Chargé de mission contrôle de légalité des actes d'urbanisme.